Харківський національний медичний університет має 5 факультетів: I-IV медичні та стоматологічний.
Факультети медичного університету Харкова створено з метою управління діяльністю кафедр, які входять до їх складу, для реалізації програм вищої та післядипломної професійної освіти.
До складу факультету ХНМУ входять: деканат, кафедри, лабораторії, студентські групи, Вчена рада Факультету, інші ради та комісії. Основні структурні підрозділи факультету – кафедри. Кафедри утворюються, реорганізуються та ліквідуються згідно з рішенням Вченої ради Університету, яке затверджується наказом ректора.
Вчену раду факультету очолює її голова, який обирається таємним голосуванням з числа членів Вченої ради факультету, які мають науковий ступінь або вчене звання.
Основні функції факультетів Харківського медичного університету:
Розробка учбових планів у відповідності вимогам державних освітніх стандартів.
Контроль за виконанням учбових планів та практикою студентів.
Формування штатів професорсько-викладацького складу та учбових груп, призначення старост.
Організація контролю успішності, відвідування студентами занять та аналіз результатів навчання.
Контроль за стипендіальним забезпеченням студентів та наданням матеріальної допомоги.
Проведення роботи по працевлаштуванню випускників.