В Університеті діє Рейтингова система оцінки діяльності структурних підрозділів та науково-педагогічної діяльності кафедр Харківського національного медичного університету та має за мету підвищення ефективності й результативності всіх видів діяльності кафедр (структурних підрозділів), визначення пріоритетних напрямів роботи та шляхів її удосконалення за всіма видами діяльності.

Дані про результати навчальної, навчально-методичної діяльності; кадрової, лікувально-діагностичної та виховної роботи, державного та галузевого визнання; міжнародного співробітництва кафедр (структурних підрозділів) університету надаються в електронному вигляді шляхом заповнення примірної форми «Показники, за якими визначається рейтинг кафедр (структурних підрозділів) за напрямами роботи», яка включена до інтерактивної бази «Рейтинг-онлайн Харківського національного медичного університету».

Дані про результати наукової роботи кафедр (структурних підрозділів) університету надаються в електронному вигляді шляхом заповнення примірної форми «Показники, за якими визначається рейтинг кафедр (структурних підрозділів) за напрямом  – «Наукова робота», яка включена до інтерактивної бази «Наука-онлайн Харківського національного медичного університету».

Забезпечення формування та заповнення інформаційного пакету даних системи «Рейтинг-онлайн» та системи «Наука-онлайн» здійснюється завідувачами кафедр (керівниками структурних підрозділів).

Наприкінці навчального року рейтингова комісія здійснює контроль та аналіз інформаційних звітів кафедр (структурних підрозділів).