Сучасний ІІІ медичний факультет Харківського національного медичного університету сформовано на базі педіатричного факультету Харківського медичного інституту, який, у свою чергу, увібрав у себе досягнення славетної харківської педіатричної школи. Ця школа була заснована 1812 року, коли в Імператорському Харківському університеті на кафедрі повивального мистецтва було введено для вивчення курс дитячих хвороб. Протягом ХІХ ст. проблема дитячого здоров’я набуває значної актуальності, і в 1892 році в університеті відкривається перша кафедра педіатрії під керівництвом талановитого лікаря-педіатра, професора Михайла Деєвича Пономарьова. Його продовжувач, професор Іван Віссаріонович Троїцький, в непростих умовах Першої світової і Громадянської воєн організував будівництво в Харкові дитячої університетської клініки – однієї з перших на теренах Російської імперії.

Відлік свого історичного минулого факультет починає з 1930 р., коли відповідно до рішення керівництва СРСР було розпочато підготовку не лікарів-універсалів, а фахівців за певними галузями системи охорони здоров′я. Вперше у світовій історії сфера материнства і дитинства стає пріоритетним напрямком державної політики, тому питанням профілактики здоров′я матері і дитини та лікування дитячої захворюваності було приділено значну увагу. В Харківському медичному інституті були сформовані три факультети: лікувально-профілактичний, охорони материнства і дитинства (педіатрія) та санітарно-гігієнічний.

З 1934 року факультет отримав назву педіатричного. Того ж року до складу факультету вливаються студенти ліквідованого Харківського медико-педагогічного інституту. У цей час деканами факультету були завідувач кафедри шкірних та венеричних хвороб, професор, доктор медицини Соболєв Л.А. (1934–1936), доц. Грінфельд В.А. (1939) та завідувач кафедри акушерства та гінекології, доктор медичних наук, професор, Шмундак Д.Ю. (1940–1941). Крім того, з 1938 по 1941 р. педіатричний факультет діяв і у складі 2-го Харківського медичного інституту. Деканом факультету тут був завідувач кафедри дитячих хвороб, доктор медичних наук, професор, Тец Г.І. (1938–1941). Пізніше 1-й та 2-й Харківські медичні інститути об′єднуються в один інститут.

Протягом Другої світової війни та німецької окупації м. Харкова у 1941–1943 рр. педіатричний факультет тимчасово об′єднано з лікувальним та санітарно-гігієнічним факультетами. Лише після визволення Харкова інститут повертається і у вересні 1944 р. педіатричний факультет відновлює свою діяльність.

Значну роль у впорядкуванні роботи факультету у складні післявоєнні роки здійснював декан факультету, завідувач кафедри хірургії, доктор медичних наук, професор Іост В.І. (1947–04.09.1952).

Протягом другої половини ХХ ст. факультет постійно працював над підвищенням якості підготовки фахівців та розвитком наукового рівня свого професорсько-викладацького складу. З 1951 р. на 6-му курсі запроваджено навчання в субординатурі, а з 1967 р. запроваджено інтернатуру. У цей час факультет очолювали завідувач кафедри акушерства та гінекології, доктор медичних наук, професор Матвєєва В.Ф. (1952–1956), професор кафедри патологічної анатомії, доктор медичних наук Налбат О.С. (1962–1966), завідувач кафедри оперативної хірургії і топографічної анатомії, доктор медичних наук, професор Зінченко-Гладких В.Д. (196 –1975), професор кафедри патологічної анатомії, доктор медичних наук Гейко Д.Є. (1974–1986) та завідувач кафедри дитячих інфекційних хвороб, доктор медичних наук, професор Вашев Є.А. (1986–1988).

За роки існування педіатричного факультету тут працювали видатні учені-педіатри: проф. І.В. Троїцький, проф. Я.В. Аркавін, проф. М.Н. Фрішман, член-кореспондент АМН СРСР проф. В.А. Бєлоусов, проф. Г.І. Тец, академік АН ВШ України В.С. Приходько, проф. Кожем’яка А.Я., проф. Одинець Ю.В., проф. Коломенський, проф. Сенаторова Г.С. та ін.

У роки незалежності України факультет очолювали завідувач кафедри патологічної анатомії, доктор медичних наук, професор, Марковський В. Д. (1994 –1996).

Логвінова Ж.І. (з 1996).

Завідувач кафедри педіатрії № 1 та неонатології, доктор медичних наук, професор, Сенаторова Г.С. (2001–2005).

Професор кафедри офтальмології, доктор медичних наук Панченко Микола Володимирович (з 2008 р.).