Самостійна кафедра патологічної фізіології Харківського національного медичного університету була організована в 1871 р. як кафедра загальної та експериментальної патології Харківського університету.

Засновником самостійної кафедри загальної патології став вихованець Петербурзької Медико-хірургічної академії проф. І.М. Оболенський (1841–1920), який очолював кафедру з 1871 по 1886 рік. Під його керівництвом почалося формування кафедри, оснащення її необхідним для експериментів обладнанням. Вперше були введені практичні вівісекційні заняття. Після переходу І.М. Оболенського на кафедру окремої патології і терапії в 1886–1895 рр. кафедру загальної патології очолював проф. С.Д. Костюрін (1853–1898), який приїхав з Військово-медичної академії Санкт-Петербургу. При ньому викладання мало виражений фізіологічний характер. У 1895–1925 рр. кафедру очолював видатний вчений і педагог професор Томського університету О.В. Репрьов (1853–1930), який є одним з родоначальників вітчизняної ендокринології; він створив велику школу патофізіологів, з якої вийшло понад 20 професорів. У період роботи О.В. Репрьова в 1918–1920 рр. в Кримському університеті (професором кафедри загальної патології і деканом медичного факультету) кафедру очолив доцент Д.П. Гриньов (1889–1934), який у 1922 р. став першим завідувачем кафедри мікробіології, а згодом – відомим мікробіологом. У 1925–1929 рр. кафедрою завідував учень A.B. Репрьова М.М. Павлов (1882–1967), відомий дослідженнями з патології ендокринної та травної систем.

З 1929 р. кафедрою протягом 40 років (1929–1968) керував учень О.B. Репрьова Данило Овсійович Альперн (1894–1968) – один з найвидатніших вітчизняних патофізіологів, широко відомий працями з патології нейроендокринної регуляції, патогенезу запалення й алергії. Його підручник більше 30 років був основним у медичних вишах країни, він витримав 6 видань і був переведений на багато іноземних мов. Д.О. Альперн є автором понад 200 наукових робіт, у тому числі 8 монографій. За його редакцією видано 8 збірників наукових праць з патології нервової системи й алергії. Надруковано понад 20 оглядів з ВНС, діенцефало-гіпофізарної системи, трофічної функції нервової системи, запалення, основних напрямків вивчення алергії, нейрогуморальної регуляції в організмі тощо. Д.О. Альперн створив велику школу патофізіологів. Під його керівництвом виконано 12 докторських і 40 кандидатських дисертацій.

З 1968 по 1987 р. кафедру очолювала учениця Д.О. Альперна професорка Р.У. Ліпшиц (1920–2010). Зберігаючи і розвиваючи наукові традиції школи Д.О. Альперна, основним напрямком наукових досліджень кафедри залишаються питання патогенезу запалення, патохімії запалення, медіатори запалення. Р.У. Ліпшиц опублікувала близько 150 наукових праць, під її керівництвом виконано 10 дисертацій. Професорка Р.У. Ліпшиц Американським біографічним інститутом була номінована на звання Woman of the Year 2001, 2003, Great woman of 21st Century. Її ім’я внесено в монументальне біографічне видання «Great Minds of 21st Century».

З 1987 по 2011 р. кафедру очолював учень Р.У. Ліпшіц проф. М.О. Клименко. Основним напрямком наукових досліджень кафедри були проблеми запалення, зокрема клітинні та гуморальні механізми його розвитку, реакції системи крові, імунної і нервової систем при запаленні, механізми запалення в умовах опромінення організму. Н.А. Клименко підготував 12 докторів та 19 кандидатів медичних наук. Він є автором та співавтором близько 500 наукових та навчально-методичних праць, у тому числі 7 монографій, 18 патентів, 5 підручників, 6 навчальних посібників.

З 2011 р. кафедрою керувала професорка О.В. Ніколаєва – учениця академіка В.С. Приходько, вихованка Харківської школи педіатрів, однієї з найстаріших в Україні. Вона є автором і співавтором понад 300 наукових та навчально-методичних праць, серед яких 2 монографії, 9 патентів, 6 рацпропозицій, 5 навчальних посібників. Під її керівництвом виконані 5 кандидатських дисертацій, 1 науково-кваліфікаційна магістерська робота, виконується 2 кандидатські та 2 докторські дисертації.

З 2014 р. кафедра носить ім’я видатного вченого Д.О. Альперна – одного із засновників патологічної фізіології, праці якого відіграли важливу роль у розвитку теоретичної медицини. Д.О. Альперн був талановитим педагогом, блискучим лектором, який зробив неоціненний внесок у становлення патофізіології як навчальної дисципліни. Традиції школи Д.О. Альперна дбайливо зберігаються і розвиваються співробітниками кафедри і після його смерті.

У 2019 р. змінена назва кафедри патологічної фізіології ім. Д.О. Альперна. Наразі її назва – кафедра загальної та клінічної патофізіології імені Д.О. Альперна.