Музей Харківського національного медичного університету відкрито в листопаді 1968 р. першим серед усіх медичних вишів України. Музейне приміщення складається з експозиційної зали розміром 120 кв. м. і робочої кімнати. Загальна кількість музейних експонатів на даний момент налічує 5 549 експонатів, 1 026 з яких представлені в діючій експозиції. Вона відображає всі історичні періоди розвитку Харківського національного медичного університету від медичного факультету Імператорського Харківського університету і дотепер.
За вагомий внесок у справу виховання учнівської та студентської молоді, примноження надбань національної культури, збереження історичної спадщини українського народу та Музейного фонду України, пропаганди пам’яток історії, культури і природи у 2011 р. Міністерство освіти і науки України присвоїло музею Харківського національного медичного університету звання «Зразковий музей».
Час роботи музею для екскурсій:
Пн.: 14:00-16:00; Вт., Чт.: 9:00-16:00; Пт.: 9:00-15:00.
Про екскурсії слід домовлятися заздалегідь.

Музей Харківського національного медичного університету було відкрито 3 листопада 1968 р. В експозиції головним чином була представлена історія харківської вищої медичної школи доби СРСР. Музейний простір використовувався для занять з курсу історії медицини, як місце зустрічей з цікавими людьми. Також тут проводились виставки. Роботу музею було високо оцінено керівництвом радянської України. У 1971 р. колегія Міністерства культури УРСР присвоїла йому звання «Народний».
У 1999 р. директоркою музею стала Жаннета Миколаївна Перцева. Саме їй належала концепція нової музейної експозиції, оскільки радянське ідеологічне спрямування експозиції вже не відповідало вимогам незалежної України. У новій експозиції акцент було зроблено на висвітлення всіх періодів історії розвитку вищої медичної школи Харківщини.
У 2000 р. було розпочато багаторічну плідну співпрацю з Інститутом енциклопедичних досліджень НАН України (проєкт «Енциклопедія Сучасної України»)
У 2011 р. Міністерство освіти і науки України «…за вагомий внесок у справу виховання учнівської та студентської молоді, примноження надбань національної культури, збереження історичної спадщини українського народу та Музейного фонду України, пропаганди пам’яток історії, культури і природи» присвоїло музею ХНМУ звання «Зразковий музей».
Станом на 2021 р. музейна колекція налічувала 5 549 експонатів, 1 026 з яких були представлені в діючій експозиції.
Починаючи з 24 лютого 2022 р. перед співробітниками музею нагально постало питання збереження колекції, а екскурсійна діяльність призупинилась майже на два роки. У вересні 2023 р., коли окупаційні війська були відкинуті від міста, музейні експонати повернули до оглядової зали. Також розпочалася активна співпраця зі студентським самоврядуванням у напрямку діджиталізації колекції.
За роки існування ХНМУ при багатьох кафедрах утворилися зібрання та колекції предметів, які мали меморіальну та історичну цінність, але не були зареєстровані як музейні. Крім того, не було належних умов для їх зберігання та вивчення. В умовах війни та за браком кадрів ці предмети опинилися у небезпеці. Тож влітку 2024 р. було прийняте рішення про створення Музейного комплексу.
Навесні 2025 р. було створено Комплекс «Музей медицини» ХНМУ, у склад якого увійшли зібрання й колекції музею історії ХНМУ та восьми кафедр університету, присвячені історії різних напрямів медицини, зокрема, нормальної та патологічної анатомії, судової медицині, патологічної фізіології, епідеміології, мікробіології та ін.