Харківський національний медичний університет має репутацію надійного партнера серед провідних ЗВО та міжнародних організацій, які займаються проблемами вищої освіти і медицини.
Університет постійно розширює та зміцнює міжнародні зв’язки, так результатом плідної праці є співробітництво в галузі медицини та медичної освіти з провідними закордонними університетами та організаціями, серед яких:
Україна 
Великобританія 
Німеччина 
Польща 
Австрія 
Азербайджан 
Італія 
Сербія 
Болгарія 
Чехія 
Грузія 
Казахстан 
Литва 
Молдова 
Словаччина 
Словенія 
Туреччина 
Угорщина 
Узбекістан 
Швейцарія 
Сент-Вінсент і Гренадини 
Франція 
Сполучені штати Америки 
Португалія 
Індія 
Іспанія 
Іран 
Швеція 
Австралія 
FutureLearn Limited
Азербайджанський медичний університет
Андижанський державний медичний інститут
Бандирма Онеді Ейлюль
Білостоцький медичний університет
Бухарський державний медичний університет
Вища школа управління охороною праці
Відкритий медичний інститут
Вільнюська університетська лікарня
Вільнюський університет
Вроцлавський медичний університет
Гданський медичний університет
ГО «Молоді лікарі Азербайджану»
Грузинський національний університет СЕУ
Грузинський національний центр туберкульозу та легеневих захворювань
Державний університет медицини та фармації ім. Ніколае Тестеміцану
Дослідницький центр Борстель
Євразійська мережа якості освіти
Європейський соціально-технічний університет
Жешувський університет
Західно-Казахстанський державний медичний університет імені Марата Оспанова
Інститут болю
Інститут мікробіології Бундесверу
Інститут мультифазних процесів Університету ім. Лейбніца м. Ганновер
Інститут фізіології Академії наук Чеської Республіки
Інститут Фтизіопневмології «Кирил Драганюк»
Казахський інститут професійного розвитку
Карлів університет
Клініка Саксенхаузен
Коворкінг-Фізіо ГмбХ (Клініка фізіотерапії Полякова)
Компанія Гелінгхем GmbH
Консультаційна група Кормак
Королівський коледж хірургів Англії
Кутаїський університет
Литовський університет наук про здоров’я
Лікарняний комплекс Хавєльхьоє
Магдебурзький університет ім. Отто вон Геріке
Майнцський психоаналітичний інститут
Медичний коледж університету всіх святих Сент-Вінсенту і Гренадин
Медичний університет – Варна
Медичний університет – Пловдів
Медичний факультет Люблянського університету
Меморіальна лікарня Гопала Гоуда Шантавері
Міжнародна асоціація «InterRegioNovation»
Міжнародна психосоціальна організація
Міжнародне науково-освітнє та дослідницьке товариство
Міжнародний центр біосугестивної терапії
Муніципальна клінічна лікарня Сфанта Трейме
Науково-дослідна група RS Global SP.Z.O.O.
Некомерційна організація «ХелсПром»
Північно Хорасанський університет медичних наук
Познанський університет медичних наук
Поморська академія
Психіатрична лікарня Джафферані
Словацький медичний університет
Спортивна клініка «Вілла Стюарт»
Тарсуський університет
Тбіліський державний медичний університет
Тебрізький університет медичних наук
Тегеранський університет медичних наук
Університет Акденіз
Університет Беруні
Університет Гуманітас
Університет Дюкейн
Університет Єдітепе
Університет ім. Невшехіра Хаджі Бекташа Велі
Університет ім. Яна Длугоша
Університет імені Фернандо Пессоа
Університет медичних наук ім. Шахіда Садугі
Університет Нью Віжн
Університет Падерборн
Університет Пізи
Університет Севільї
Університет суспільних наук
Університет центрального Ланкаширу
Університет Чукурова
Центр «ЕкоТехГендер» Падерборнського університету
Центр молекулярної кардіології Цюріхського університету
Центр розвитку професійних кваліфікацій медичного персоналу
Центр урогенітальної реконструктивної хірургії «Фонд Сави Перовича»
Швейцарське бюро співробітництва
Швейцарський інститут тропічного та громадського здоров’я
Ширазський університет медичних наук
Школа клінічної медицини при ректорі, магістрах та вчених Кембриджського університету