ХНМУ має репутацію надійного партнера серед провідних ЗВО і в міжнародних організаціях, які займаються проблемами вищої освіти та медицини. Університет налагодив з багатьма країнами міжнародні зв’язки та продовжує розширювати їх. Сьогодні ХНМУ співпрацює в галузі медицини та медичної освіти з багатьма закордонними університетами та організаціями, серед яких:
Україна 
Великобританія 
Польща 
Австрія 
Азербайджан 
Італія 
Сербія 
Болгарія 
Чехія 
Грузія 
Казахстан 
Литва 
Молдова 
Словаччина 
Словенія 
Туреччина 
Угорщина 
Узбекістан 
Швейцарія 
Сент-Вінсент і Гренадини 
Франція 
Сполучені штати Америки 
Португалія 
Індія 
Іспанія 
Іран 
Швеція 
Австралія 
Дослідницький центр Борстель
Інститут болю
Інститут мікробіології Бундесверу
Інститут мультифазних процесів Університету ім. Лейбніца м. Ганновер
Клініка Саксенхаузен
Коворкінг-Фізіо ГмбХ (Клініка фізіотерапії Полякова)
Компанія Гелінгхем GmbH
Лікарняний комплекс Хавєльхьоє
Магдебурзький університет ім. Отто вон Геріке
Майнцський психоаналітичний інститут
Міжнародна психосоціальна організація
Університет Падерборн
Центр «ЕкоТехГендер» Падерборнського університету