Кафедра педіатрії № 2, заснована  в 1984 р., є послідовником традицій Харківської педіатричної школи, закладеної ще наприкінці ХІХ ст., коли вперше в Україні у 1892 р. була організована кафедра педіатрії під керівництвом проф. В. Д. Пономарьова в Імператорському Харківському університеті.

У 1901 р. після виходу у відставку заслуженого ординарного професора М. Д. Пономарьова кафедру дитячих хвороб Харківського університету очолив відомий педіатр кінця Х1Х – початку ХХ ст. проф. І. В. Троіцький. Іван Віссаріонович керував кафедрою протягом 17 років (1902–1919) і сприяв покращенню викладання педіатрії і надання медичної допомоги дітям. І. В. Троіцький проводив велику наукову роботу. Він був талановитим пропагандистом профілактичного напрямку в педіатрії, приділяв багато уваги питанням дитячого харчування.

З 1920 по 1930 роки кафедру дитячих хвороб очолював  проф. Я.С. Аркавін, який по праву є засновником української мікропедіатрії. Він приділяв багато уваги організації роботи дитячої клініки та створенню установ для дітей грудного віку.  Яків Сергійович Аркавін був організатором дитячої консультації при клініці першого Всеукраїнського інституту ОХМАТДИТ у Харкові.

Великий внесок у розвиток педіатрії в нашому місті зробив професор М.М. Фрішман, який очолив кафедру дитячих хвороб у 1930 р. За свідченням сучасників, М.М. Фрішман був блискучим клініцистом, педагогом, лектором, методистом. Його лекції обов’язково супроводжувалися демонстрацією хворих, на кафедрі проводилася наукова робота за важливими для того часу питаннями ревматизму, туберкульозу, дизентерії. На жаль, М.М. Фрішман рано пішов з життя: він помер у 1944 р. у віці 55 років у Чкалові (нині Оренбург), де знаходився разом з евакуйованим Харківським медичним інститутом. Після його смерті й реевакуації в 1944 р. медичного інституту до міста Харкова кафедра відновила свою роботу на чолі з проф. В.О. Бєлоусовим. У 1946 р. з неї була виділена кафедра пропедевтики та факультетської педіатрії, якою керував проф. В.О. Бєлоусов, а в 1952 р. її перейменували на кафедру факультетсько-шпитальної  педіатрії, потім – шпитальної педіатрії.

Створенню кафедри факультетської педіатрії, як і інших кафедр педіатричного профілю, передував розгорнутий в повоєнні роки процес реформування медичного навчання: перехід на триступеневе викладання (пропедевтика, факультетська та шпитальна педіатрія), шестирічну освіту в медичному інституті та опанування нових баз. Тому в 1957 р. вже існували чотири кафедри педіатрії, в тому числі факультетсько-шпитальної педіатрії (зав. проф. В. О. Бєлоусов)  на базі дитячого відділення ХОКЛ (вул. Данилевського, 7).

З 1960 по 1965 р. кафедру пропедевтики та факультетської педіатрії очолювала проф. Г. Ф. Доброгаєва, з 1965 по 1973 р. – проф. В. С. Приходько, з 1973 по 1984 р. – проф. В. М. Коломенський.

Подальше удосконалення викладання педіатрії здійснювалося шляхом організації безперервного навчання студентів з IV по VI курси на одній кафедрі. Для цього в 1984 р. кафедру шпитальної педіатрії було реорганізовано у кафедру дитячих хвороб № 1 (зав. проф. В. С. Приходько)  на базі обласної дитячої клінічної лікарні (вул. Муранова, 5) і була створена кафедра дитячих хвороб № 2 (зав. проф. Г. І. Сукачова) на базі міської дитячої клінічної лікарні № 16 (вул. Л. Пастера, 2).

З 1984 р. починається історія кафедри педіатрії № 2.  З 1984 по 1996 рік її  очолювала професор Г. І. Сукачова, науковий шлях якої був пов’язаний із вивченням питань захворювань серця у дітей.  У цей період на кафедрі також проводилися наукові дослідження з питань дитячої гематології, пульмонології, нефрології. З 1996–1997 навчального року кафедра дитячих хвороб № 1 знову стала називатися кафедрою шпитальної педіатрії, а кафедра дитячих хвороб № 2 – кафедрою факультетської педіатрії з медичною генетикою, на завідування якою був обраний проф. Ю. В. Одинець. Видатний аматор, лікар, який присвятив все своє життя питанням захисту здоров’я дітей у критичних станах, він є Заслуженим лікарем України. З 2000 р. в зв’язку  з утворенням в ХДМУ кафедри медичної генетики кафедра факультетської педіатрії з медичною генетикою знову стала називатися кафедрою факультетської педіатрії, а з 2008 року – кафедрою педіатрії № 2. Професор Ю. В. Одинець очолював кафедру до 2015 року. Дотепер Юрій Васильович надихає своєю працею молодих лікарів, щиро ділиться своїм багатогранним досвідом з питань дитячої нефрології, гематології зі студентами.  З 2015 року по теперішній час завідувачем кафедри педіатрії № 2 є доктор медичних наук, професор Макєєва Наталія Іванівна.

Таким чином, сучасна кафедра педіатрії № 2 є наступником кафедр педіатричного профілю, на яких у різні часи викладався курс факультетської педіатрії. Більше ніж за 35-річний термін існування кафедри педіатрії № 2 колектив співробітників керується традиціями, які завжди відповідали найбільш актуальним питанням медичної науки і були започатковані відомими професорами-педіатрами М. Д. Пономарьовим, І. В. Троіцьким, Я. С. Аркавіним, М. М. Фрішманом, В. О. Бєлоусовим.