У 1923 р. на медичному факультеті Харківського медичного інституту (ХМІ) була заснована перша кафедра гігієни праці. Засновником кафедри та її першим завідувачем став відомий гігієніст професор Езро Мойсейович Каган (1887–1948).
Розроблена кафедрою програма підготовки студентів у 1928 р. була затверджена як базова для вищих навчальних закладів України. «Курс лекцій» професора Е.М. Кагана протягом багатьох років використовувався як основне видання для студентів.
У 1933 р. за ініціативою професора Е.М. Кагана відбулася Всесоюзна нарада кафедр гігієни праці, на якій розглядалися питання викладання гігієни праці в медичних та технічних вищих навчальних закладах.
Другою гігієнічною кафедрою в Харківському медичному інституті стала кафедра комунальної гігієни, що була заснована в 1933 р. дійсним членом АМН СРСР О.М. Марзєєвим (1882–1956). На кафедрі працювали М.В. Євментьєв, В.М. Жаботинський, Р.С. Кобрін, Д.М. Калюжний та ін. Проводились наукові дослідження з вивчення санітарного стану міст і сіл, природних гігієнічних факторів: води, повітря, ґрунту, розроблялися гігієнічні принципи і норми будівництва нових міст. У 1936–1938 рр. за редакцією О.М. Марзєєва виходить двотомне видання посібника з комунальної гігієни «Основы коммунальной гигиены».
З 1938 до 1968 р. завідувачем кафедри гігієни праці є З.Д. Горкін (1896–1970). У 1940 р. за редакцією проф. З.Д. Горкіна, доц. М.С. Кармінського, І.Б. Когана видано перший в країні навчальний посібник для практичних занять зі студентами санітарно-гігієнічного факультету.
У 1941 р. кафедра разом з інститутом евакуюється до м. Оренбург. Кафедри гігієнічного профілю об’єднали в одну під назвою «Кафедра загальної гігієни», завідувачем став професор З.Д. Горкін.
У повоєнні роки на кафедрі комунальної гігієни працювали доц. М.С. Кармінський, асистент А.П. Степанова, О.П. Альбицька, А.Ф. Михайловська, Г.І. Євтушенко. У 1945 році О.М. Марзєєв розпочав роботу над першим у світі підручником з комунальної гігієни, який вийшов друком у 1951 році.
З 1951 до 1968 р. провідною темою наукового дослідження було вивчення біологічної дії ультрафіолетового випромінювання.
З 1968 до 1971 та з 1977 до 1993 р. кафедрою гігієни праці завідував проф. Г.І. Євтушенко, який одночасно був директором Харківського НДІ гігієни праці та професійних захворювань. Основним напрямком наукової роботи було вивчення механізмів біологічної дії імпульсних електромагнітних хвиль низької частоти.
У 1988 р. відбувається об’єднання кафедри гігієни праці з кафедрою комунальної гігієни, завідувачем призначається проф. Г.І. Євтушенко, а з 1993 до 1997 р. кафедрою завідує професор В.І. Жуков, який започаткував новий напрямок у наукових дослідженнях – вивчення механізму біологічної дії на людину простих поліефірів і вплив їх на стан водоймищ.
Кафедра гігієни харчування була організована у 1933 р., першим завідувачем став доц. М.З. Лук’яновия. З 1971 до 1988 р. керівником була М.І. Іващенко. У 1997 р. всі гігієнічні кафедри були об’єднані в єдину кафедру гігієни та екології № 2, яку очолив академік АН вищої школи України, дійсний член Міжнародної академії комп’ютерних наук і систем, доктор медичних наук, професор М.В. Кривоносов.
На початку 2007/2008 навчального року у зв’язку з реорганізаційними заходами, що відбувалися в університеті, кафедра була об’єднана з кафедрою загальної гігієни та екології № 1 під назвою «Кафедра гігієни та екології».
У травні 2009 р. вченою радою університету було прийнято рішення про роз’єднання кафедри і у вересні 2009 р. сформована кафедра гігієни та екології № 2, яку можна вважати правонаступником кафедри, що була організована у 1997 році. Її завідувачем став І.В. Завгородній – професор, доктор медичних наук, академік Національної академії вищої освіти України, член правління товариства токсикологів України, голова експертної комісії ХНМУ.
Під його керівництвом відродились наукові дослідження в галузі теоретичної та практичної медицини, включаючи лікарські аспекти доказової медицини, біоетики, гігієнічні та екологічні аспекти удосконалення медико-санітарної допомоги населенню України.
Кафедра активно співпрацює з Інститутом медицини праці НАМН України, а також з профільними гігієнічними кафедрами Національного медичного університету ім. О.О. Богомольця. Ведеться тісне міжнародне співробітництво з кафедрою медицини праці медичного факультету Університету Отто фон Геріке м. Магдебург (ФРН) з дослідження професійного вигоряння у вчителів, банківських працівників та працівників швидкої медичної допомоги.
На сьогодні кафедра залишається провідною з навчально-методичного та наукового забезпечення підготовки висококваліфікованих спеціалістів. Упродовж останніх років значно збільшилась кількість дисциплін, що викладаються для бакалаврів, магістрів, студентів лікувальних факультетів, лікарів-інтернів медико-профілактичного і лікувальних факультетів, для іноземних студентів, слухачів циклів післядипломної освіти. На кафедрі запроваджено викладання англійською мовою.
