Харківський національний медичний університет має репутацію надійного партнера серед провідних ЗВО та міжнародних організацій, які займаються проблемами вищої освіти і медицини.
Університет постійно розширює та зміцнює міжнародні зв’язки, так результатом плідної праці є співробітництво в галузі медицини та медичної освіти з провідними закордонними університетами та організаціями, серед яких:
Україна 
Великобританія 
Німеччина 
Польща 
Австрія 
Азербайджан 
Італія 
Сербія 
Болгарія 
Чехія 
Грузія 
Казахстан 
Литва 
Молдова 
Словаччина 
Словенія 
Туреччина 
Угорщина 
Узбекістан 
Швейцарія 
Сент-Вінсент і Гренадини 
Франція 
Сполучені штати Америки 
Португалія 
Індія 
Іспанія 
Іран 
Швеція 
Австралія 
Азербайджанський медичний університет
Андижанський державний медичний інститут
Бандирма Онеді Ейлюль
Білостоцький медичний університет
Благодійна організація Благодійний фонд Протез Хаб
Бухарський державний медичний університет
Вища школа управління охороною праці
Вільнюська університетська лікарня
Вільнюський університет
Вроцлавський медичний університет
Гданський медичний університет
Грузинський національний центр туберкульозу та легеневих захворювань
Державний університет медицини та фармації ім. Ніколае Тестеміцану
Дослідницький центр Борстель
Євразійська мережа якості освіти
Європейська мережа академічної доброчесності
Європейський соціально-технічний університет
Жешувський університет
Західно-Казахстанський державний медичний університет імені Марата Оспанова
Інститут болю
Інститут мікробіології Бундесверу
Інститут Фтизіопневмології «Кирил Драганюк»
Карлів університет
Коворкінг-Фізіо ГмбХ (Клініка фізіотерапії Полякова)
Компанія Гелінгхем GmbH
Консультаційна група Кормак
Королівський коледж хірургів Англії
Кутаїський університет
Лікарняний комплекс Хавєльхьоє
Магдебурзький університет ім. Отто вон Геріке
Майнцський психоаналітичний інститут
Медичний коледж університету всіх святих Сент-Вінсенту і Гренадин
Меморіальна лікарня Гопала Гоуда Шантавері
Міжнародна психосоціальна організація
Міжнародне науково-освітнє та дослідницьке товариство
Міжнародний центр біосугестивної терапії
Муніципальна клінічна лікарня Сфанта Трейме
Науково-дослідна група RS Global SP.Z.O.O.
Некомерційна організація «ХелсПром»
Ноттінгемський університет Трент
Північно Хорасанський університет медичних наук
Познанський університет медичних наук
Поморська академія
Психіатрична лікарня Джафферані
Словацький медичний університет
Спортивна клініка «Вілла Стюарт»
Тарсуський університет
Тбіліський державний медичний університет
Тебрізький університет медичних наук
Тегеранський університет медичних наук
Університет Беруні
Університет Гуманітас
Університет Єдітепе
Університет ім. Невшехіра Хаджі Бекташа Велі
Університет ім. Яна Длугоша
Університет імені Фернандо Пессоа
Університет Нью Віжн
Університет Ондокуза Маїза
Університет Падерборн
Університет Пізи
Університет Севільї
Університет суспільних наук
Університет Чукурова
Фонд Леоні Шапталь
Центр молекулярної кардіології Цюріхського університету
Центр розвитку професійних кваліфікацій медичного персоналу
Центр урогенітальної реконструктивної хірургії «Фонд Сави Перовича»
Чешский інститут технологій охорони здоров’я
Швейцарське бюро співробітництва
Швейцарський інститут тропічного та громадського здоров’я
Ширазський університет медичних наук
Школа клінічної медицини при ректорі, магістрах та вчених Кембриджського університету