Медичний університет був одним із перших ВНЗ України, в якому за дорученням МОЗ СРСР розпочали експеримент із підготовки лікарів-інтернів. Навчання лікарів-інтернів на цьому етапі проводилося на базах практичної охорони здоров’я. Керувала підготовкою інтернів протягом десяти років від початку її організації академік Л.Т. Малая.

Надалі організаційно-методичну роботу в інтернатурі очолював професор Ю.В. Одинець, з 2001 р. як проректор з навчально-лікувальної роботи.

У цей час роботою відділу інтернатури керувала Н.М. Вашкене. В 1996 р. створено деканат післядипломної освіти, роботу якого очолювали професор А.Я. Малоштан (1996–2001) та доцент Л.Г. Тельнова (2003–2006).

У лютому 2006 р. створено факультет післядипломної освіти, деканом якого обрано доцента В.В. В’юна. У січні 2011 р. факультет післядипломної освіти був реорганізований у Навчально-науковий інститут післядипломної освіти ХНМУ, в структурі якого проводять свою роботу кафедри, підрозділи за напрямами роботи (інтернатура, підвищення кваліфікації, спеціалізація та перепідготовка лікарів, підготовка бакалаврів та магістрів) та сектор сприяння працевлаштуванню випускників, директором якого обрано та призначено В.В. В’юна.

У різні роки в післядипломній освіті ХНМУ працювали та працюють видатні вчені: академік, Герой Соціалістичної Праці та Герой України професор Л.Т. Малая; академік НАН України, доктор медичних наук, професор В.І. Грищенко; академік АН України, заслужений діяч науки України, доктор медичних наук, професор В.І. Шаповал; член-кореспондент НАМН України, академік АН вищої школи України, заслужений діяч науки і техніки України, доктор медичних наук, професор В.І. Лупальцов, завідувач кафедри хірургії № 3; академік Національної Академії медичних наук України, Заслужений лікар України, Заслужений діяч науки та техніки України, доктор медичних наук, професор Олександр Миколайович Біловол.