Тематика науково-дослідної роботи та навчальний процес постійно перебували у нерозривному зв’язку і визначалися потребою розвитку теорії епідеміології та необхідністю вдосконалення форм і методів боротьби з заразними хворобами людини. Науково-дослідна робота (НДР) традиційно розглядається як вкрай важливий напрямок діяльності кафедри. Як пріоритети дослідницької роботи визначалися ті проблеми, які найбільшою мірою були актуальні для практики: кишкові інфекції, інфекції дихальних шляхів, вірусні гепатити, зоонози і паразитози, імунопрофілактика інфекційних хвороб тощо. Поряд із зазначеними прикладними науковими проблемами, що успішно вирішуються колективом кафедри, постійно приділяється увага теоретичним питанням епідеміології. Так, останніми роками успішно розроблялися питання організації та методики епідеміологічного нагляду за інфекційними хворобами. Активно розробляється екологічна концепція епідеміології.
Наукова діяльність кафедри спрямована на розробку методів дезінфектологічної профілактики інфекційних захворювань, нових дезінфекційних технологій знезараження виробів медичного призначення, вивчення проблеми дезрезистентності збудників і переносників інфекційних захворювань. На кафедрі за цими проблемами захищено більше 10 кандидатських дисертацій.
Виконання наукової тематики із зазначених проблем дозволило отримати у науковому відношенні нові дані, які мають значну цінність для практики охорони здоров’я. Результати НДР знайшли відображення у численних публікаціях. Успішно захищено кандидатські дисертації з актуальних проблем, зокрема з ієрсиніозів (Т.Є. Гончарова, 1996; Г.С. Головчак, 2000), лептоспірозу (В.О. Коршенко, 1997), дифтерії (А.П. Подаваленко, 1999), пріонових інфекцій (Т.І. Коваль, 2001; О.О. Попов, 2021) та докторська дисертація щодо екологічних проблем, зокрема впливу факторів середовища життєдіяльності на перебіг епідемічного процесу інфекцій дихальних шляхів (А.П. Подаваленко, 2015).
Наразі в процесі виконання прикладна НДР «Наукове обґрунтування епідеміологічного нагляду за COVID-19 та шляхи його удосконалення у адміністративно-промисловому регіоні», термін 2021–2023 роки.
Результати наукових досліджень співробітників кафедри з теоретичних проблем епідеміології, організаційних аспектів епідеміологічного нагляду за інфекціями, а також результати досліджень з прикладних проблем (дифтерія, лептоспірози, ієрсиніози, кір, краснуха, кашлюк, епідемічний паротит) представлені в наукових виданнях: видано 23 монографії та разових наукових видань; опубліковано понад 800 статей; захищено 8 докторських та 33 кандидатських дисертації; видано та впроваджено у практику понад 45 інструктивно-методичних документів; отримано 4 авторські свідоцтва на винаходи; впроваджено 24 раціоналізаторські пропозиції.
Пріоритетними науковими темами кафедри загальної та комунальної гігієни, починаючи з 2000-х років, стали психогігієнічні та психофізіологічні дослідження підлітків, які навчаються у закладах освіти різного рівня акредитації. Було заплановано і виконано такі науково-дослідні роботи: «Фізіолого-гігієнічна оцінка функціонального стану підлітків під час професійного навчання» (2009–2013); «Обґрунтування та розробка концепції психогігієнічної та психофізіологічної корекції функціонального стану і професійної працездатності студентської молоді» (2015–2019).
В рамках виконання наукових робіт відбулись захисти дисертацій на здобуття наукового ступеня, а матеріали досліджень були опубліковані у колективній монографії «Медицина граничних станів: 30-річний досвід психогігієнічних досліджень за редакцією В.М. Лісового та В.О. Коробчанського (2016).
Протягом 10 років кафедра гігієни є основним організатором науково-практичних конференцій з міжнародною участю спільно з Бахмутським медичним коледжем та Асоціацією медиків України.
Кафедра гігієни праці та професійної патології до 2011 р. наукові дослідження проводила у співпраці з Харківським науково-дослідним інститутом гігієни праці та професійних захворювань, завідувачі кафедри одночасно очолювали НДІ (академік Навроцький В.К., професор Кашин Л.М.). Спільно з науковцями НДІ гігієни праці та професійних захворювань ХНМУ була виконана НДР «Клініко-епідеміологічні дослідження стану здоров’я та умов праці з впровадженням концепції управління ризиками професійної та виробничо-обумовленої захворюваності у працівників машинобудування, які працюють у шкідливих та небезпечних умовах». У рамках цієї НДР було отримано патент на винахід «Спосіб оцінки активності імунної системи працівників шкідливих виробництв» (автори О.М. Чернишева, С.І. Ткач, В.О. Коробчанський, О.Г. Мельник, О.М. Дрокіна, Є.М. Будянська), 2012.
У 2011 р. було видано методичні рекомендації з грифом МОЗ України «Визначення імунологічних критеріїв ризику виникнення та перебігу бронхо-легеневих захворювань у працюючих в машинобудівній промисловості» (автори О.М. Чернишова, С.І. Ткач, В.О. Коробчанський, О.Г. Мельник, С.Д. Чернова).