Історія Харківської педіатрії невід’ємна від історії розвитку вищої медичної освіти, яка пов’язана з відкриттям у місті Харкові в 1804 році Імператорського університету.
Викладання педіатрії започаткував професор Іван Петрович Каменський, який першим почав читати теоретичний курс дитячих хвороб на кафедрі повивального мистецтва. З 1862 року знову починається пожвавлення педіатричного мислення, коли до професорського складу кафедри акушерства і гінекології Харківського університету був призначений професор І.П. Лазаревич. Він мав великий вплив на розвиток як загальної, так і наукової педіатрії в Харківській вищій медичній школі.
Подальшому втіленню ідей професора І.П. Лазаревича сприяла діяльність його учня Михайла Деєвіча Пономарьова. Після закінчення медичного факультету Харківського університету в 1868 році він був запрошений І.П. Лазаревичем на кафедру акушерства, жіночих і дитячих хвороб. У 1875 р. професор І.П. Лазаревич за рішенням Ради Університету передає викладання дитячих хвороб доценту М.Д. Пономарьову. Таким чином, 1875 рік – момент, з якого викладання педіатрії в Харківському університеті перейшло до рук людини, що має спеціальну педіатричну підготовку.
Радою професорів університету кафедра була відкрита 10 січня 1892 року. Базою кафедри була амбулаторія, де читали теоретичний курс лекцій. М.Д. Понамарьов видав монографію «Болезни новорожденных». Подальший розвиток педіатрії в Харкові включав організацію процесу навчання студентів питанням діагностики та лікування захворювань у дітей і створення матеріально-технічної бази для викладання.
У 1902 році на посаду завідувача кафедри педіатрії обирається Іван Віссаріонович Троїцький, вихованець Київського Університету, який керував кафедрою наступні 17 років. Його діяльність сприяла підвищенню якості викладання педіатрії, розвитку наукових досліджень, а також приверненню уваги суспільства до потреб дитячого населення.
Після від’їзду проф. Троїцького з м. Харкова в 1919 р кафедру очолив професор Яків Сергійович Аркавін. Проф. Я.С. Аркавін значно вдосконалив навчально-методичну роботу. Основною вимогою в навчальній роботі було навчання студентів методам обстеження дитини шляхом самостійної роботи біля ліжка хворого.
У 1929 році після смерті професора Я.С. Аркавіна завідувачем кафедри був обраний професор Микола Михайлович Фрішман. М.М. Фрішман розширив базу дитячої клініки за рахунок добудови 3-го поверху, веранд, відкрив біохімічну лабораторію; розширив наукові дослідження з питань ревматизму, туберкульозу у дітей.
У 1938 р. єдина кафедра педіатрії була розділена на кафедру педіатрії педіатричного факультету (зав. проф. М.М. Фрішман) і кафедру дитячих хвороб лікувального та санітарно-гігієнічного факультетів (зав. проф. В.О. Бєлоусов).
У час Великої Вітчизняної війни, у 1941 році, кафедра перебувала в евакуації в м. Чкалові (Оренбург) на базі дитячої лікарні ім. Кобзєва № 16. У цей час кафедра знову була об’єднана і очолив її професор М.М. Фрішман. 14 квітня 1944 року професор М.М. Фрішман помер після важкої хвороби на 55-му році життя в м. Чкалові.
У 1944 році після реевакуації у м. Харків кафедру педіатрії педіатричного факультету очолив професор В.О. Бєлоусов. Того ж року відновилася робота кафедри дитячих хвороб лікувального факультету, яку очолив професор Г.І. Тец.
Таким чином, з 1944 року викладання педіатрії в Харківському медичному інституті проводилося на двох кафедрах педіатричного та лікувального факультетів. Відновився також курс дитячих хвороб на санітарно-гігієнічному факультеті, який проводився на кафедрі педіатрії педіатричного факультету.
У післявоєнні роки відбувся перехід на трирівневу систему підготовки лікарів-педіатрів: пропедевтика, факультетська і госпітальна педіатрія, а також на 6-річне навчання в медичному інституті. У 1946 році з кафедри педіатрії педіатричного факультету була виділена кафедра госпітальної педіатрії, яка розмістилася на базі НДІ охорони здоров’я материнства і дитинства, а з 1956 року – на базі 24-ї дитячої міської лікарні. В її штат входили завідувач кафедри професор С.Я. Шаферштейн і два співробітники клініки ОХМАТДІТ з погодинною оплатою. У 1951 році кафедра госпітальної педіатрії була організована як самостійна, а в 1953 році передана під керівництво професора В.О. Бєлоусова. У 1952 році при кафедрі госпітальної педіатрії педіатричного факультету була організована кафедра пропедевтики дитячих хвороб, базою якої стала 24-а міська дитяча лікарня, а з 1953 року – 7-а дитяча міська лікарня. У цей час кафедру очолював заслужений діяч науки професор Самуїл Якович Шаферштейн.
З вересня 1958 р. після виходу С.Я. Шаферштейна на пенсію, завідувати кафедрою стала д. мед. н., професор Ганна Федорівна Доброгаєва. Одночасно на цій кафедрі проводилося викладання дитячих хвороб студентам санітарно-гігієнічного факультету, яке в 1960 році було передано на кафедру дитячих хвороб лікувального факультету. В цей час на кафедру пропедевтики передали факультетську педіатрію, навчальною базою якої стала відкрита в Харкові Міська дитяча лікарня № 35 (вул. Муранова, 5). У 1960 році викладання педіатрії у ХМІ проходило на педіатричному факультеті, на кафедрі пропедевтики і факультетської педіатрії (завідувач кафедри професор Г.Ф. Доброгаєва), госпітальної педіатрії (завідувач кафедри професор В.О. Бєлоусов), дитячих хвороб лікувального та санітарно-гігієнічного факультетів (завідувач кафедри професор Г.І. Тец).
Значний внесок в удосконалення навчально-методичної роботи, розвиток науки, підготовку кадрів, організацію та збагачення лікувально-діагностичної та консультативної роботи спільно з органами практичної охорони здоров’я було зроблено за період керівництва кафедрою госпітальної педіатрії проф. В.С. Приходько. У 70–80-і роки колектив кафедри займався розробкою актуальних питань дитячої кардіології, зосередивши свою увагу на первинній артеріальній гіпертензії
У 2002 р. професор В.С. Приходько переходить на посаду професора кафедри госпітальної педіатрії, передавши завідування кафедрою своїй учениці і послідовниці професору Г.С. Сенаторовій.
У 2009 році в ХНМУ відкрито факультет післядипломної освіти. На кафедрі педіатрії № 1 ХНМУ вводиться первинна спеціалізація з неонатології, у зв’язку з чим кафедра перейменована на кафедру педіатрії № 1 та неонатології. Також введені цикли тематичного удосконалення для лікарів-педіатрів з актуальних питань дитячої кардіоревматології та дитячої ендокринології, продовжують навчатися лікарі-інтерни за спеціальностями «Педіатрія», «Неонатологія».
Кафедра плідно співпрацює з такими найбільшими науковими центрами, як «ДУ Інститут педіатрії, акушерства та гінекології» (м. Київ), «ДУ Інститут серцево-судинної хірургії» (м. Київ), «НЦ Інститут серцево-судинної хірургії ім. А.М. Бакулева» (м. Москва), центр порушень серцевого ритму (м. Санкт-Петербург), НЦ аритмій (м. Каунас, Литва), НДІ педіатрії та дитячої хірургії РФ.
З 2015 року кафедру очолює д. мед. н., проф. М.О. Гончарь – учениця проф. В.С. Приходько, проф. Г.С. Сенаторової, послідовник традицій Харківської педіатричної школи.