Кафедра хірургії № 2 є однією з найстаріших хірургічних шкіл нашої країни, яка дала вітчизняній охороні здоров’я сотні визнаних фахівців практично у всіх галузях хірургічної науки. Хірургічна клініка медичного факультету Харківського університету почала формуватися 1814 року. Уже в 1871 р. було законодавчо оформлено факультетську хірургічну клініку. Керував клінікою професор Грубе В.Ф.(з 1859 до 1898 р.).

З 1912 до 1925 р. керівником кафедри був професор М.П. Трінклер. Вихованець Харківського університету, учень видатного хірурга й ученого В.Ф. Грубе, М.П. Трінклер став відомим ученим і блискучим хірургом зі світовим ім’ям, різнобічно ерудованим клініцистом, чудовим діагностом і лікарем. Проведені ним хірургічні операції були зразком найвищої майстерності, глибокого знання хірургічної патології та володіння оперативною технікою.

Після М.П. Трінклера керування цією кафедрою переходить до В.М. Шамова, який протягом майже 16 років віддавав свої сили й енергію для подальшого розвитку кафедри, перетворення її на своєрідний інститут хірургії. У цей час клініка стала значно розширеною, реконструйованою, кількість ліжок доведено до 300. Викладання проходило для студентів лікувального й педіатричного факультетів. В.М. Шамов розпочав на кафедрі широку науково-дослідну роботу з питань сучасної хірургії. При клініці створено експериментальне відділення з віварієм, де проводилися цікаві дослідження. Було створено своєрідний науково-дослідний центр з питань теорії й практики переливання «трупної» крові, піонером якого є В.М. Шамов. З його ініціативи в Харкові було організовано перший у країні спеціальний Інститут переливання крові і невідкладної хірургії (1930 р.), першим директором якого він був.

У зв’язку з обранням В.М. Шамова на кафедру Військово-медичної академії та його переїздом у Ленінград в 1939 р. короткий період (близько року) кафедрою керував один із відомих хірургів Радянського Союзу професор О.В. Мельников, який також зробив свій внесок у її розвиток (онкологія, шлунково-кишкова хірургія, боротьба з анаеробною інфекцією). У 1940 р. О.В. Мельников переїхав у Ленінград на кафедру хірургії Військово-морської медичної академії.

Із серпня 1941 р. кафедрою завідував О.З. Цейтлін. З перших днів Великої Вітчизняної війни клініку було перетворено на евакогоспіталь для надання хірургічної допомоги пораненим, що тривало аж до моменту евакуації інституту в Оренбург наприкінці вересня 1941 року. Тут кафедра була розташована на базі залізничної лікарні й обслуговувала працівників транспорту.

Після реевакуації кафедри в Харків у 1944 р. її колектив почав відновлювати клінічну базу. Лише з початку 1946 р. було налагоджено її роботу, але кафедра вже мала значно меншу базу (150 ліжок), ніж до війни. Тоді ж через розформування кафедри урології на кафедрі факультетської хірургії було відновлено доцентуру з урології (к. м. н. О.Є. Горлін, доц. В.І. Шаповал) та організовано урологічне відділення. У 1957 р. створено ще два спеціалізовані відділення: з торакальної хірургії (М.І. Трутень, О.О. Шалімов, І.Г. Мітасов) і з анестезіології й реанімації (доц. М.І. Оболєнцев). У 1960 р. при кафедрі було організовано доцентуру з нейрохірургії (доц. Н.Д. Лук’янова); згодом цей курс передано на кафедру госпітальної хірургії. Після професора І.Г Мітасова кафедру очолив та керував нею до вересня 2004 р. професор С.І. Шевченко, відомий хірург, основним напрямком хірургічної діяльності якого була хірургічна ендокринологія.

З вересня 2004 р. завідувачем кафедри стає професор І.А. Криворучко. Основні напрямки, що розробляються під його керівництвом – діагностика та хірургічне лікування захворювань підшлункової залози при гострих панкреатитах і ускладненнях їх деструктивних форм, хронічному панкреатиті, функціональних та органічних захворювань шлунку та 12-палої кишки, захворювань печінки та жовчовивідної системи, гнійно-септичних ускладнень після оперативних втручань на органах черевної порожнини, захворювань судин та серця, щитоподібної залози, проктологічних захворювань, торакальна хірургія.