Сучасний ІІІ медичний факультет Харківського національного медичного університету сформовано на базі педіатричного факультету Харківського медичного інституту, який у свою чергу увібрав у себе досягнення славетної харківської педіатричної школи. Свій початок ця школа веде з 1812 р., коли в Харківському імператорському університеті на кафедрі повивального мистецтва вводиться для вивчення курс дитячих хвороб. Протягом ХІХ ст. проблема дитячого здоров’я набуває значної актуальності, і в 1892 р. в університеті відкривається перша кафедра педіатрії під керівництвом талановитого лікаря-педіатра, професора Михайла Деєвича Пономарьова. Його продовжувач, професор Іван Віссаріонович Троїцький в непростих умовах Першої світової і Громадянської воєн організував будівництво в Харкові дитячої університетської клініки – однієї з перших на теренах Російської імперії.

Відлік свого історичного минулого факультет починає з 1930 р., коли відповідно до рішення керівництва СРСР було розпочато підготовку не лікарів-універсалів, а фахівців за певними галузями системи охорони здоров′я. Вперше в світовій історії сфера материнства і дитинства стає пріоритетним напрямком державної політики, тому питанням профілактики здоров′я матері і дитини та лікування дитячої захворюваності було приділено значну увагу. В Харківському медичному інституті були сформовані три факультети: лікувально-профілактичний, охорони материнства і дитинства (педіатрія) та санітарно-гігієнічний.

З 1934 р. факультет отримав назву педіатричного. У тому ж році до складу факультету вливаються студенти ліквідованого Харківського медико-педагогічного інституту. У цей час деканами факультету були завідувач кафедри шкірних та венеричних хвороб, професор, доктор медицини Соболєв Л.А. (1934–1936 рр.), доц. Грінфельд В.А. (1939 р.) та завідувач кафедри акушерства та гінекології, доктор медичних наук, професор Шмундак Д.Ю. (1939–1941 рр.). Крім того, з 1938 по 1941 рр. педіатричний факультет діяв і у складі 2-го Харківського медичного інституту. Деканом факультету тут був завідувач кафедри дитячих хвороб, доктор медичних наук, професор Тец Г.І. (1938–1941 рр.). Пізніше 1-й та 2-й Харківські медичні інститути об′єднуються в один інститут.
Протягом Другої світової війни та німецької окупації м. Харкова у 1941–1943 рр. педіатричний факультет тимчасово об′єднано з лікувальним та санітарно-гігієнічним факультетами. Лише після визволення Харкова інститут повертається.

Значну роль у впорядкуванні роботи факультету у складні післявоєнні роки здійснював декан факультету, завідувач кафедри хірургії, доктор медичних наук, професор Іост В.І. (1947–1952 рр.).

Протягом другої половини ХХ ст. факультет постійно працював над підвищенням якості підготовки фахівців та розвитком наукового рівня свого професорсько-викладацького складу. З 1951 р. на 6-му курсі запроваджено навчання в субординатурі, а з 1967 р. запроваджено інтернатуру. У цей час факультет очолювали завідувач кафедри акушерства та гінекології, доктор медичних наук, професор Матвєєва В.Ф. (1952–1956 рр.), професор кафедри патологічної анатомії, доктор медичних наук Налбат О.С. (1962–1965 рр.), завідувач кафедри оперативної хірургії і топографічної анатомії, доктор медичних наук, професор Зінченко-Гладких В.Д. (1965–1974 рр.), професор кафедри патологічної анатомії, доктор медичних наук Гейко Д.Є. (1974–1986 рр.) та завідувач кафедри дитячих інфекційних хвороб, доктор медичних наук, професор Вашев Є.А. (1986–1988 рр.).

За роки існування педіатричного факультету тут працювали видатні вчені-педіатри: проф. І.В. Троїцький, проф. Я.В. Аркавін, проф. М.Н. Фрішман, член-кореспондент АМН СРСР проф. В.А. Бєлоусов, проф. Г.І. Тец, академік АН ВШ України В.С. Приходько, проф. Коломенський В.В. та ін.
У роки незалежності України факультет очолювали завідувач кафедри патологічної анатомії, доктор медичних наук, професор Марковський В.Д. (1994–1996 рр.). З 1997 по 2000 рр. факультет очолював Кравчун П.Г. – доктор медичних наук, професор кафедри внутрішньої медицини № 2, клінічної імунології та алергології ім. академіка Л.Т. Малої.

З 2001 по 2005 рр. педіатричний факультет очолювала завідувач кафедри педіатрії № 1 і неонатології, доктор медичних наук, професор Сенаторова Г.С. У цей час на факультеті було проведено значну роботу щодо запровадження нових стандартів навчального процесу в рамках Болонської системи, зокрема, складання ліцензованих іспитів КРОК-1 і КРОК-2.

З 2005 по 2008 рр. внаслідок реорганізації педіатричний факультет об′єднано з санітарно-гігієнічним факультетом у ІІІ медичний факультет, деканом призначено доктора медичних наук, професора Мінухіна В.В. У цей період на факультеті здійснювалося навчання студентів за двома основними спеціальностями – «Педіатрія» і «Медико-профілактична справа».

У 2008 р. спеціальності «Педіатрія» і «Медико-профілактична справа» відокремлюються в окремі факультети, відповідно, ІІІ і ІV медичні факультети. Деканом ІІІ медичного факультету з 2008 р. і по теперішній час є доктор медичних наук, професор кафедри офтальмології Панченко Микола Володимирович. За цей час факультет здійснив значну за обсягами роботу з ліцензування і акредитації спеціальності «Педіатрія», а також спеціальності «Сестринська справа» (з 2010 р. змінено назву на «Медсестринство»), освітньо-кваліфікаційних рівнів бакалавр і магістр.

З 2016 р. факультету доручено підготовку фахівців за спеціальністю «Медицина» освітньо-кваліфікаційного рівня магістр, а з 2019 р. – підготовку фахівців за спеціальністю «Соціальна робота».