Харківський національний медичний університет пройшов славетний історичний шлях від факультету до вищого навчального закладу, який готує не тільки висококваліфікованих лікарів, а й педагогічні та наукові кадри для медицини.
Історія вищої медичної школи Харківщини становить понад два століття. Вона тісно пов’язана з історією Імператорського Харківського університету, від медичного факультету якого і походить Харківський національний медичний університет.
На медичному факультеті викладали широко відомі вчені, серед яких професори Д.Ф. Лямбль, Л.С. Ценковський, І.П. Щелков, В.П. Крилов, І.П. Лазаревич, В.Г. Лашкевич та інші. Вони заклали підвалини вітчизняної науки. Тут отримали освіту й стали провідними спеціалістами в різних галузях медицини професори: хірурги А.Г. Подрєз і М.П. Трінклер, терапевт П.І .Шатілов, офтальмолог Л.Л. Гіршман, фізіолог В.Я. Данилевський та багато інших. Саме професорами медичного факультету були виконані в той час перші в Російській імперії операції оваріотомії, тотальної резекції шлунка, операції на серці тощо.
Найкращі представники медичного факультету Імператорського Харківського університету відіграли видатну роль у розвитку Харківського регіону. Вони надавали кваліфіковану медичну допомогу військовим, пораненим під час війн, мирному населенню у разі епідемій.
У 1887 р. для медичного факультету була збудована спеціальна споруда для анатомічного театру, а в 1896 р. – чотири самостійні клініки: терапевтична, хірургічна, акушерська та офтальмологічна.
За ініціативою професорів медичного факультету було створено Харківське медичне товариство, яке існує й сьогодні. У 1910 р. це товариство відкрило в Харкові Жіночий медичний інститут.
У 1920 р. Харківський університет було скасовано, його медичний факультет об’єднано з Жіночим медичним інститутом ХМТ, внаслідок чого утворилася Харківська медична академія. У 1921 р. її перейменували в Харківський медичний інститут, у якому було організовано два факультети: медико-профілактичний та одонтологічний. У 1936 р. у Харкові було створено 2-й Медичний інститут, до складу якого, крім медико-профілактичного, входив психоневрологічний факультет.
Серед викладачів обох інститутів були видатні вчені, академіки й професори: анатом В.П. Воробйов – автор «Атласу з анатомії людини», за яким навчалися декілька поколінь радянських лікарів; фізіолог В.Я. Данилевський – один із засновників фізіології праці та ендокринології; хірург В.М. Шамов, академік і лауреат Ленінської премії, який заснував у Харкові перший в Україні інститут гематології та переливання крові; біохімік О.В. Палладін – засновник інституту біохімії, який зараз носить його ім’я; заслужені професори: М.П. Трінклер – видатний хірург, піонер асептики в Харкові та М.С. Бокаріус – засновник криміналістичного напрямку в судовій медицині; невропатолог О.М. Гринштейн та патологоанатом М.Ф. Мельніков-Развєдєнков, мікробіолог М.М. Цехновіцер та фармаколог О.І. Черкес, гігієніст О.М. Марзеєв, стоматолог Ю.М. Гофунг та багато інших.

З перших днів Другої світової війни на території колишнього СРСР частина викладачів та випускні курси студентів пішли на фронт, інститути були відправлені в евакуацію, де продовжували роботу з випуску лікарів, таких необхідних і на фронті, і в тилу. У 1944 р. вони реевакуювалися до Харкова і були об’єднані в один.
Мирне інститутське життя почалося з відновлення зруйнованої навчальної бази, удосконалення навчального процесу. У 1949 р. ХМІ перейшов до 6-річного строку навчання. В ювілейному 1955 р. інститут працював у складі 53 кафедр, які очолювали 43 професори і доктори наук та 10 доцентів. В інституті на 3 факультетах навчалося більше 3,5 тис. студентів.
У ці роки інститут знаходився у підпорядкуванні Міністерства охорони здоров’я СРСР і мав високий професійний статус. Очолював інститут Б.Я. Задорожний – почесний професор Познанської академії медицини. Кафедрами завідували: дійсний член АМН СРСР М.М. Соловйов, чл.-кор. АМН СРСР В.С. Деркач, В.О. Бєлоусов, Є.О. Попов, АН УРСР – Д.О. Альперн, А.М. Утевський, Є.К. Приходькова, лауреат Державної премії Б.В. Альошин, заслужені діячі наук УРСР, професори: І.Р. Брауде, Г.Л. Дерман, М.С. Харченко та інші.
У 1978 р. в ХМІ був створений четвертий факультет – стоматологічний.

У 1994 р. постановою Кабінету Міністрів України на базі ХМІ створено Харківський державний медичний університет. Одним з перших серед усіх медичних вишів України наш інститут став університетом, пройшов акредитацію та був внесений до державного реєстру закладів освіти з наданням йому ліцензії на право здійснення освітньої діяльності за IV, вищим рівнем.
У 1998 р. Харківський державний медичний університет був прийнятий членом до Міжнародної асоціації університетів світу, зареєстрованої при ЮНЕСКО.
У 2007 р. Указом Президента України університету надано статус національного.
У 2006 р. в університеті створено ряд підрозділів: Український інститут клінічної генетики ХНМУ; ДЗ «Спеціалізована медико-санітарна частина № 12» (з 2015 р. – ННМК «Університетська клініка ХНМУ»); Університетська стоматологічна клініка (з 2008 р. – Університетський стоматологічний центр ХНМУ); ДП «Харківський науково-дослідний інститут гігієни праці та професійних захворювань».
Харківський національний медичний університет – це сучасний багатопрофільний навчальний заклад з потужною науковою й матеріально-технічною базою, нагороджений Почесною грамотою Кабінету Міністрів України.
У складі університету сьогодні:
• 8 факультетів: І медичний; ІІ медичний; ІІІ медичний; ІV медичний; стоматологічний; V, VI, VIІ факультети з підготовки іноземних студентів Навчально-наукового інституту з підготовки іноземних громадян ХНМУ (2017);
• Навчально-науковий інститут якості освіти (2006);
• Навчально-науковий інститут післядипломної освіти (2011), що забезпечує безперервну кваліфікаційну освіту лікарів і наукових працівників протягом усієї професійної діяльності в інтернатурі, магістратурі, клінічній ординатурі, аспірантурі та докторантурі;
• 70 кафедр з високим кадровим потенціалом, а саме: 1000 науково-педагогічних працівників, з яких вчене звання професора мають 130 співробітників, доцента – 301, науковий ступінь доктора медичних наук – 146, кандидата наук – 588; серед них: академік НАМН України, 5 членів-кореспондентів НАМН України, 15 заслужених діячів науки і техніки України, 17 заслужених лікарів України, заслужений працівник фармації України, 3 заслужених працівники освіти України, 9 лауреатів Державної премії України в галузі науки і техніки, 21 академік державних та громадських Академій України.
В університеті навчаються понад 8 200 студентів, інтернів, магістрів, клінічних ординаторів, аспірантів і докторантів, серед яких більш ніж 4 тис. іноземних громадян з 73 країн світу.
Працюють 5 спеціалізованих вчених рад із захисту докторських та кандидатських дисертацій за такими спеціальностями: «Акушерство та гінекологія», «Хірургія», «Урологія»; «Стоматологія», «Анестезіологія та інтенсивна терапія», «Клінічна лабораторна діагностика; «Анатомія людини», «Патологічна анатомія», «Патологічна фізіологія», «Судова медицина»; «Внутрішні хвороби», «Педіатрія», «Кардіологія», «Нефрологія»; «Гігієна та професійна патологія», «Соціальна медицина».
Активно функціонують 18 науково-педагогічних шкіл.