У складі навчально-наукового інституту післядипломної освіти налічується 9 клінічних кафедр. Вони розташовані на базах лікувально-профілактичних закладів міста Харкова і діють згідно з типовими угодами з клінічними базами, відповідно до наказу МОЗ України № 174 від 05.06.97 р.

Всі клінічні бази кафедр є профільними спеціалізованими центрами – відділеннями обласних, міських лікарень та відомчих медичних установ. Діяльність клінічних кафедр спрямована на покращання якості охорони здоров’я населення міста та області, на виконання завдань, визначених концепцією розвитку охорони здоров’я України згідно з Указами Президента України та Постановою Кабінету Міністрів.

Організація лікувальної роботи клінічних кафедр спрямована на впровадження нових ефективних методів профілактики, діагностики і лікування, забезпечення поліпшення здоров’я населення.

Невпинно зміцнюється матеріально-технічна база лікувальних закладів за рахунок коштів медичного університету, муніципальних фінансів, позабюджетних коштів та гуманітарної допомоги, що дозволяє придбати цінне лікувально-діагностичне та лабораторне обладнання. Все це, безумовно, сприяє підвищенню якості лікувально-діагностичної та науково-дослідної роботи на клінічних кафедрах ННІПО ХНМУ, а також покращанню навчання студентів, організації післядипломної підготовки лікарів-інтернів та слухачів.

Діяльність клінічних кафедр щодо покращання якості медичного обслуговування населення міста та області спрямована перш за все на підготовку лікарських кадрів та підвищення їх професійної кваліфікації, розроблення та впровадження нових медичних технологій у практичну роботу. Значно приділяється увага підвищенню якості лікувальної, діагностичної, консультативної, операційної та організаційно-методичної діяльності в базових та інших лікувально-профілактичних закладах міста й районах області, участь у заходах пропаганди здорового способу життя, профілактики захворювань та оздоровлення навколишнього середовища.

Покращанню якості медичної допомоги населенню сприяють показові обходи та операції, клінічні, клініко-патологоанатомічні, реферативні та науково-практичні конференції, лекції для лікарів та населення, впровадження нових методів діагностики, лікування та профілактики захворювань, консультативна робота співробітників кафедр ННІПО ХНМУ під час виїздів у райони області у складі виїзних бригад спеціалістів.