Всі кафедри другого медичного факультету проводять лікувально-профілактичну роботу. Вони розташовані на базі лікувально-профілактичних закладів міста Харкова і діють згідно з типовими угодами з клінічними базами, відповідно до наказу Міністерства охорони здоров’я України.

Клінічні бази кафедр є профільними спеціалізованими центрами – відділеннями обласних та міських лікарень. Діяльність клінічних кафедр спрямована на покращення якості охорони здоров’я населення міста та області, на виконання завдань визначених концепцією розвитку охорони здоров’я України згідно Указів Президента України та Постанов Кабінету міністрів.

Організація лікувальної роботи клінічних кафедр спрямована на забезпечення поліпшення здоров’я населення, впровадження нових ефективних методів профілактики, діагностики та лікування.

Кожного року зміцнюється матеріально-технічна база лікувальних закладів за рахунок коштів медичного університету, муніципальних фінансів, позабюджетних коштів та гуманітарної допомоги, що дозволяє придбати цінне лікувально-діагностичне та лабораторне обладнання. Це сприяє підвищенню якості лікувально-діагностичної роботи на клінічних кафедрах та покращенню навчання.

Зусилля колективів клінічних кафедр щодо покращення якості медичного обслуговування населення міста та області спрямовані на підготовку лікарських кадрів та підвищення їх професійної кваліфікації, розроблення та впровадження нових медичних технологій у практичну роботу. Все частіше приділяється увага підвищенню якості лікувальної, діагностичної, консультативної, операційної та організаційно-методичної діяльності в базових та інших лікувально-профілактичних закладах міста й районах області, участь у заходах пропаганди здорового способу життя, профілактики захворювань та оздоровлення навколишнього середовища.

Покращенню якості медичної допомоги населенню сприяють періодичні показові обходи та операції, клінічні, клініко-патологоанатомічні, реферативні та науково-практичні конференції, лекції для лікарів та населення, впровадження нових методів діагностики, лікування та профілактики захворювань.

Співробітники клінічних кафедр проводять велику консультативну роботу, хірургічні втручання, сучасні інструментальні та лабораторні дослідження. Вони виконують спеціальні обстеження та лікарські маніпуляції, такі як бронхоскопія, тромболізис, лапарацентез, ендоскопія, лапароскопія, бронхографія, діаліз, плазмафорез, ехоенцефалографія, експрес-діагностика варіабельності серцевого ритму, фіброгастродуоденоскопія, колоноскопія, ректороманоскопія, ультразвукове дослідження різних органів та систем, рентгенологічне обстеження хворих, комп’ютерна томографія, ядерно-магнітна томографія, проведення стернальної, плевральної, черевної пункції, операцій на щитовидній та молочній залозах, органах черевної порожнини, органах дихання та ін.

Слід відзначити, що лікувальна та профілактична робота всіх кафедр факультету проводиться у тісному контакті з керівництвом та трудовими колективами базових медичних об’єднань.

Співробітниками кафедри здійснюється курація та практична допомога підшефним районам області, виїзди по санавіації.

Клінічні кафедри спільно з органами охорони здоров’я міста і області регулярно організують науково-практичні конференції і семінари для практичних лікарів, беруть участь в організації і проведенні обласних днів спеціаліста, клініко-анатомічних конференцій, оперативного аналізу дитячої та материнської смертності, захворюваності на туберкульоз та на венеричні хвороби, летальності при терміновій хірургічній патології, серцево-судинній, онкологічній патології тощо, беруть участь у санітарно-просвітній роботі.

Завдяки спільній роботі клінічних кафедр з органами охорони здоров’я, використанню в лікувальній роботі наукового потенціалу співробітників кафедральних колективів вживаються всі заходи для зменшення показників смертності, інвалідності, покращання результатів лікувальної роботи, профілактики захворювань серед населення Харківської області.