Кафедра факультетської терапії Харківського національного медичного університету була заснована в 1877 році. Її завідувачем став професор Лашкевич Валер’ян Григорович. За його проєктом і безпосередньою участю на базі Харківської обласної клінічної лікарні протягом 1895–1896 рр. було зведено будівлю факультетської терапевтичної клініки. Наукова діяльність професора В.Г. Лашкевича (1869–1888) стосувалася двох головних проблем: ураження внутрішніх органів при сифілісі й різних захворюваннях нервової системи. Його перу належать 26 робіт.

З 1888 по 1903 р. кафедру очолював професор Оболенський Іван Миколайович, під керівництвом якого досліджувалися захворювання органів травлення, обміну речовин та інфекційні хвороби.

З 1903 по 1914 р. кафедрою факультетської терапії завідував професор Опенховський Федір Мечіславович, який читав лекції та керував практичними курсами перкусії та аускультації. Предметом його наукових досліджень була фізіологія нервів, фармакологія й експериментальна патологія.

З 1914 по 1918 р. на посаді завідувача кафедри були Е.А. Жебровський та А.Ф. Каковський.

Протягом 1918–1921 рр. кафедру факультетської терапії очолював професор Шатілов Петро Іванович. У цей період основна увага була зосереджена на вивченні туберкульозу, пневмоній, анатомічних та функціональних особливостей серцево-судинної системи, шумів серця й судин, фізичної реєстрації пульсової хвилі та її змін при різних захворюваннях серця й судин, а також епідеміології та імунології висипного тифу.

З 1924 по 1940 р. кафедрою керував І.І. Файншмідт. Наукова тематика кафедри цього часу включала в себе вивчення захворювань органів дихання, у тому числі легеневого туберкульозу, ранньої діагностики й раціональної терапії недостатності кровообігу, цукрового діабету. Було розроблено методику визначення та розрахунку основного обміну. В 1925 р. на кафедрі факультетської терапії засновано студентський науковий гурток.

Протягом 1941–1946 рр. кафедру очолював професор Черніков Євген Абрамович. У цей період колектив вивчав питання етіопатогенезу та лікування “септичної ангіни”, ранового сепсису, клініки та лікування вогнепальних ушкоджень органів грудної клітки. У колі наукових інтересів професора Є.А. Чернікова були також питання патології серця, ревматизму, порушень обміну речовин, а також фізіотерапевтичних методів лікування (бальнеотерапія).

З 1946 по 1966 р. кафедрою завідував професор Штейнберг Соломон Якович, під керівництвом якого вивчалося клінічне значення асиметрії артеріального тиску, рання діагностика та теорії атеросклерозу, гіпертонічної хвороби та коронарної недостатності, клінічне значення стану мікроелементного обміну. Професор С.Я. Штейнберг запропонував метод клінічної плетизмографії.

З 1966 по 1982 р. кафедру очолював заслужений діяч вищої школи України професор Почепцов Валентин Георгійович. За цей час тут проводилися дослідження в галузі кардіології, гастроентерології та алергології, було розроблено нові ефективні методи лікування захворювань внутрішніх органів. Під керівництвом професора В.Г. Почепцова на кафедрі було захищено 2 докторські та 26 кандидатських дисертацій.

З 1982 по 2009 р. кафедрою завідував заслужений діяч науки і техніки України, доктор медичних наук, професор Хворостінка Володимир Миколайович, під керівництвом якого колектив проводив роботу, спрямовану на подальшу оптимізацію навчального процесу, удосконалення наукових розробок, використання нових методів діагностики та лікування захворювань внутрішніх органів. Головними науковими проблемами були дослідження перебігу хронічних захворювань печінки, хронічних холециститів, хронічних захворювань кишечника, удосконалення їх ранньої діагностики та патогенетичного лікування. Вивчались етіологічні та патогенетичні чинники й особливості перебігу хронічних захворювань органів травлення у взаємозв’язку з імунними показниками та системою адаптаційних гормонів. Професор В.М. Хворостінка є автором 560 наукових робіт, серед яких 30 підручників, навчальних посібників і монографій, 33 авторські свідоцтва і патенти, 48 методичних рекомендацій і вказівок.

З 2009 р. кафедрою завідує д-ка мед. наук, професорка Журавльова Лариса Володимирівна.

У 2018 р. кафедру перейменовано на кафедру внутрішньої медицини № 3 та ендокринології.