Кафедра ендокринології була заснована у 1940 році у стінах Українського інституту удосконалення лікарів. Організатором та завідувачем кафедри ендокринології з 1940 по 1941рр. і 1957-1968 рр. був професор С.Г. Генес – патофізіолог-діабетолог, автор 12 монографій. Його наукові праці присвячені вивченню патогенезу цукрового діабету та методів його компенсації.

З 1949 по 1952 рр. кафедру очолював професор М.А. Копелович. У цей період основна наукова увага кафедри була зосереджена на вивченні проблем діабетології, нейроендокринології, тиреоїдології та дитячої ендокринології.

Протягом 1996-2002 рр. кафедру очолювала д.м.н., професор О.М. Білецька. За цей час фокусом кафедри є вивчення синдрому низького трийодтироніну і способів лікування тиреоїдної недостатності.

В 1997 році на кафедрі було розпочато підготовку дитячих ендокринологів на базі відділення ендокринології  ДУ «Інституту охорони здоров`я дітей та підлітків АМН України» Базою кафедри є клініка і поліклініка ДУ «Інститут проблем ендокринної патології ім. В.Я. Данилевського НАМН України».

З 2002 року кафедру очолює директор ДУ «Інститут проблем ендокринної патології ім. В.Я. Данилевського НАМН України, заслужений діяч науки і техніки України, д.мед.н., академік НАМНУ Ю.І. Караченцев.

З січня 2022 року кафедра ендокринології та дитячої ендокринології увійшла до складу Навчально-наукового інституту післядипломної освіти Харківського національного медичного університету.