Історія IV медичного факультету ХНМУ починається з 1930–1931 років. Саме у цей період було засновано санітарно-гігієнічний факультет у складі Харківського медичного інституту. Він готував санітарних лікарів загального профілю, епідеміологів, лікарів з гігієни харчування, промислових і комунальних лікарів. Термін навчання на санітарно-гігієнічному факультеті спочатку складав 4 роки. Завідувачем факультету (таку назву мали з 1930 року декани) став М.М. Зотін. У 1931 році (28 лютого) відбувся перший випуск лікарів санітарно-гігієнічного факультету. На цей час він проводив підготовку студентів на всіх чотирьох курсах.

11 лютого 1932 року санітарно-гігієнічний факультет був виділений зі складу Харківського медичного інституту й став самостійним навчальним закладом – Харківським державним санітарно-гігієнічним інститутом (ХСГІ). Але у 1934 році він був ліквідований, а студенти знову повернулися до Харківського медичного інституту.

Деканом санітарно-гігієнічного факультету ХМІ з 1934 по 1938 рік був Володимир Маркович Краков, доцент кафедри гігієни харчування. Першочерговими завданнями деканату була організація навчання студентів на належному рівні. З 1944 року на факультеті були відновлені всі гігієнічні кафедри. З 1947 по 1961 р. посаду декана санітарно-гігієнічного факультету займав професор Володимир Олександрович Сиворонов, завідувач кафедри гігієни харчування. Деканом санітарно-гігієнічного з 25.08.1961 р. по 31.07.1965 р. був доцент кафедри епідеміології Віктор Михайлович Жидовцев. А з 1965 по 1975 рік – завідувач кафедри епідеміології, професор Володимир Дмитрович Черненко.

Деканом факультету протягом 19 років (з 1975 по 1994) був завідувач кафедри гігієни харчування (зараз це кафедра загальної гігієни та екології № 2), професор Михайло Володимирович Кривоносов.

Протягом тривалого часу факультет був базою підготовки фахівців для Болгарської Народної Республіки, Таджицької, Молдавської й Білоруської РСР. На гігієнічних кафедрах готувалися науково-педагогічні кадри для Казахської РСР, Якутської АРСР, стажувалися зарубіжні спеціалісти.

Починаючи з 1991 року на факультеті почалася смуга перетворень і реформ. У 1991–1992 роках санітарно-гігієнічний факультет було перейменовано на медико-профілактичний. Деканом медико-профілактичного факультету з 11.03.1994 р. був завідувач кафедри комунальної гігієни, професор Віктор Іванович Жуков. З 02.09.1996 по 28.08.1997 р. деканом III медичного факультету, який включив два колишні факультети: педіатричний і медико-профілактичний, був професор Віталій Іванович Сіпітий, завідувач кафедри нейрохірургії. В.І. Жуков став заступником декана (01.09.1996 р.) по відділенню «Медико-профілактична справа». З 15.10.1997  по 24.10.2000 р. деканом III медичного факультету був професор Павло Григорович Кравчун. Тимчасово виконував обов’язки декана IV медичного факультету з 25.10.2000 р. доцент кафедри офтальмології Микола Володимирович Панченко. З 01.09.2001 по 01.10.2014 р. деканом IV медичного факультету був професор кафедри мікробіології, вірусології та імунології Валерій Володимирович Мінухін. З жовтня 2014 року по квітень 2023 року посаду декана обіймала професор кафедри мікробіології, вірусології та імунології ім. проф.Д.П. Гриньова Вікторія Ткаченко. З квітня 2023 року по теперішній час факультет очолює доцент гігієни та екології № 2 Микола Литвиненко.