Свою історію медичний факультет розпочинає ще з 1804 року, що був заснований як відділення лікарських і медичних наук при Імператорському Харківському університеті.
Згодом, у часи з 1920 по 1992 роки відділення лікарських і медичних наук послідовно було реорганізовано в медичний, лікувально-профілактичний і лікувальний факультети.
Як самостійний підрозділ медичного університету, ІІ медичний факультет почав своє існування у 1994 році.

Першим деканом, який очолював факультет, був доктор медичних наук, професор кафедри оперативної хірургії та топографічної анатомії Михалін Михайло Олексійович до вересня 2004 року.
З 14 жовтня 2004 року до 9 листопада 2005 року його місце зайняла завідувачка кафедри неврології № 1, докторка медичних наук, професорка, Заслужена діячка науки і техніки України Григорова Ірина Анатоліївна.
З 10 листопада 2005 року і до 1 вересня 2009 деканом 2 медичного факультету був доктор медичних наук, професор, завідувач кафедри гігієни та екології №2 Завгородній Ігор Володимирович.
З вересня 2009 року завідувач кафедри судової медицини, медичного правознавства, доктор медичних наук, професор Ольховський Василь Олексійович очолював ІІ медичний факультет по вересень 2014 року.
З 2014 по 2021 рр. ІІ медичний факультет очолював професор кафедри психіатрії, наркології, медичної психології та соціальної роботи, доктор медичних наук, професор, Хаустов Максим Миколайович.