До складу Харківського медуніверу входять наступні навчально-наукові медичні центри (ННМЦ):
Університетська клініка ХНМУ
Це багатопрофільна діагностично-лікувальна установа, яка водночас проводить науково-практичну та освітню діяльність. Університетська клініка надає високоспеціалізовану медичну допомогу населенню Харкова і Харківської області, інших областей України, іноземним громадянам.
Університетський стоматологічний центр ХНМУ
Установа, що забезпечує надання висококваліфікованої стоматологічної допомоги, є клінічною базою для поліклінічних відділень та 5 стоматологічних кафедр, на яких здійснюють прийом професори, доценти та досвідченні лікарі.
НДІ гігієни праці та професійних захворювань ХНМУ
Багатопрофільний заклад, який має декілька напрямків діяльності:
Освітній процес із підготовки медичних кадрів на додипломному та післядипломному рівнях освіти.
Надання лікувально-профілактичної та реабілітаційної допомоги хворим на професійні захворювання.
Гігієнічні дослідження факторів виробничого середовища і трудового процесу для атестації робочих місць з метою виявлення шкідливих та небезпечних чинників.
Проведення попередніх і періодичних медичних оглядів працівників певних категорій, які виконують роботи у шкідливих та небезпечних умовах праці.
Український інститут клінічної генетики ХНМУ
Спеціалізований центр, який є частиною унікального науково-навчально-лікувального об’єднання «Генетика», що включає в себе кафедру медичної генетики та Український інститут клінічної генетики Харківського Національного медичного університету, а також деякі громадські організації.
Науково-практичний центр доклінічних і клінічних досліджень ХНМУ
Центр, який створений з метою контролю за доклінічними та клінічними дослідженнями лікарських засобів, біологічно активних речовин, медичної техніки та матеріалів на клінічних базах університету.
Центр сприяє дослідженням на 44 клінічних кафедрах ХНМУ, в 6 навчальних науково-виробничих об’єднаннях, 2 наукових інститутах, а також забезпечує ефективну взаємодію всіх служб та підрозділів університету.
Центр гендерної освіти ХНМУ
Центр, який надає науково-практичну допомогу викладачам та студентам щодо впровадження ідеї гендерної рівності у навчально-виховний процес. Забезпечує проведення виховних заходів, організації науково-дослідної роботи для забезпечення рівних прав та можливостей жінок і чоловіків.
Центр медичного краєзнавства імені професора В.Д. Отамановського
Центр медичного краєзнавства ХНМУ об’єднує дослідників медичного краєзнавства Харкова. Метою діяльності є організація, координація, наукове і методичне керівництво, контроль за проведенням наукових досліджень з медичного краєзнавства Харкова, а також популяризація їх результатів.